Antibiotiques, bactéries résistantes et gènes de résistances dans les effluents d’élevage et leur devenir

Résumé

Les matières fécales peuvent contenir des bactéries résistantes, des gènes de résistance ainsi que des antibiotiques et/ou leurs produits de transformation. Alors que le stockage en fosse des lisiers n’impacte pas ou très peu les bactéries résistantes et les gènes de résistance, le compostage des fumiers réduit significativement les bactéries résistantes, du fait de la température. Toutefois certains gènes de résistance peuvent persister. La méthanisation mésophile conduirait à une diminution moindre des germes résistants que la méthanisation thermophile. Les réductions des concentrations d’antibiotiques durant la méthanisation diffèrent selon les molécules, mais certains produits de transformation conservent une activité antimicrobienne. Le compostage conduit à des diminutions mesurées souvent supérieures à 70 %. Ces diminutions observées au cours de la méthanisation ou du compostage ne sont parfois qu’apparentes (transformation, fixation à la matière..). Les pratiques de stockage, traitement et épandage des effluents doivent être optimisées pour limiter la diffusion de la résistance.

Abstract

Storage in slurry pits has little impact on resistant bacteria and resistance genes. Composting significantly reduces resistant bacteria due to an increase in temperature, although resistance genes may persist. Mesophilic anaerobic digestion results in a smaller decrease in resistant bacteria compared to thermophilic digestion. A reduction in antibiotic concentrations following anaerobic digestion depends on the type of molecule, but certain transformation products may still remain active. Composting can result in decreases of often more than 70% in antibiotics. However, the decreases observed during methane fermentation or composting are sometimes not real because they are due to transformation or fixation on the medium etc.... Manure storage, treatment and spreading practices must be optimized in order to limit the diffusion of antimicrobial resistance.