Le séquençage du génome pour comprendre la transmission de souches de Mycobacterium bovis entre animaux domestiques et sauvages

Résumé

Le génotypage de Mycobacterium bovis, réalisé avec des techniques classiques (spoligotyping et VNTR), permet de tracer l'origine de l'infection pour grand nombre de foyers de tuberculose bovine, mais pas de reconstruire des scenarii de transmission, notamment dans les zones de forte incidence où des profils génotypiques dominants sont partagés par les bovins et la faune sauvage. Le séquençage du génome complet de souches de M. bovis, qui apporte des données à très fine résolution, a été réalisé dans trois zones endémiques (Côte d’Or, Dordogne/Haute-Vienne et Pyrénées-Atlantiques/Landes). La combinaison de ces données génomiques avec des données épidémiologiques a permis de mettre en évidence des systèmes de transmission inter-espèces qui semblent être spécifiques à chaque zone.

Abstract

Whole genome sequencing of M. bovis strains, which provides very fine data resolution, was performed in three areas where it is endemic (Côte d'Or, Dordogne/Haute-Vienne and Pyrénées-Atlantiques/Landes). The genomic data combined with epidemiological data were integrated into Bayesian models. These studies highlighted inter-species transmission systems that appear to be specific to each zone.