Avortements des petits ruminants : nouvelles PCR digitales multiplex et résultats étiologiques originaux

Résumé

Les enjeux associés à la maîtrise des avortements sont multiples et importants : économiques, réglementaires, zoonotiques, …, sans oublier la nécessaire évaluation de l’efficacité et de la « sécurité » des outils de maîtrise, respectivement autovaccins et antibiothérapie (antibiorésistance). Au sein de cette cascade d’actions, le diagnostic étiologique occupe une place-clef. Afin de progresser significativement en matière d’efficacité du diagnostic direct, nous avons associé 2 innovations complémentaires : • l’utilisation d’une nouvelle technologie de PCR, la PCR digitale, plus sensible et fournissant des résultats directement quantitatifs et précis ; • un double élargissement des cibles étiologiques : détection très large d’agents abortifs peu ou pas recherchés en général, et ciblage à l’échelon des genres ou des familles de germes (permettant la mise en évidence éventuelle d’espèces inconnues ou exotiques). Ainsi, nos PCR, outils de deuxième intention, ciblent une famille de sporozoaires (Sarcocystidae : Toxoplasma, Neospora, Sarcocystis) et 9 groupes de bactéries : familles des Chlamydiaceae et des Anaplasmataceae, genres Salmonella, Listeria, Campylobacter, Leptospira, Yersinia, Mycoplasma et Ureaplasma. Ces PCR multiplex syndromiques et « inclusives » ont été appliquées à deux types d’avortements non élucidées. Tout d’abord, des échantillons congelés issus de séries abortives incomprises en 1ère intention ont été rassemblés (5 départements, 64 élevages). Avec un nombre modeste de prélèvements par élevage (1 à 4 seulement), nous avons obtenu un pourcentage de positivité (1 à 2 pathogènes) établi entre 69% et 90% des élevages, en fonction du seuil quantitatif retenu pour les écouvillons génitaux (respectivement 103 à 101 copies /μl). Ensuite, les PCR ont été appliquées à des séries abortives contemporaines, permettant d’avoir accès à un nombre supérieur de prélèvements et à les choisir de manière raisonnée. Après vérification de la négativité par rapport aux agents de 1ère intention (C. burnetii, T. gondii, C. abortus, Pestivirus), le taux d’élucidation a été de 89% (n=102 élevages). Les principaux agents détectés appartiennent aux genres Campylobacter (4 espèces ou sous-espèces), Yersinia, Mycoplasma, Salmonella, Listeria, Chlamydia, … Pour ces 4 derniers genres, des espèces peu fréquentes ou particulières aux petits ruminants sont souvent détectées. Enfin, pour un agent donné, la comparaison quantitative des positivités par organe ou type de prélèvement met en lumière des variations majeures : le contenu stomacal représente l’un des tous premiers prélèvements de choix pour les avortements bactériens.