Détection et caractérisation moléculaire de souches d’Escherichia coli porteuses de gènes de résistance CTX-M (bétalactamases à spectre élargi ou BLSE) et de gènes de virulence dans deux exploitations agricoles.

Résumé

Au printemps 2009, une enquête régionale Bourgogne a permis de sélectionner trois exploitations d’élevage bovin dans lesquelles la présence de souches de colibacilles poly résistantes aux antibiotiques porteuses du gène bla CTX-M a été détectée sur un animal. Des prélèvements complémentaires sur l’eau, l’aliment, les sols ou le fumier ont permis de caractériser sur deux de ces exploitations la présence de souches de E. coli porteuses du gène bla CTX-M dans l’environnement. Dans une exploitation, les méthodes moléculaires ont permis d’établir une origine clonale commune pour les souches retrouvées sur les animaux et sur des sols cultivés. La pathogénicité potentielle des souches recueillies a été étudiée par typage génétique des facteurs de virulence. Certaines souches issues de l’environnement présentent bien des facteurs de virulence communs avec les souches animales de l’exploitation. Des profils très proches de pathotypes connus : EPEC, NTEC ou ExPEC ont été mis en évidence dans les sols et le fumier. La question de la préexistence chez les animaux mais surtout dans les sols de souches poly résistantes aux antibiotiques dotées d’un potentiel génétique pathogène important trouve dans ces exemples quelques éléments de réponse et de réflexion.