Génotypage à grande échelle de souches de virus BVD circulant en France métropolitaine.

Résumé

La grande variabilité génétique du virus BVD, virus à ARN monocaténaire classé en deux grands types, eux-mêmes divisés en sous-types, BVDV-1a à -1p et BVDV-2a à -2d, conduit à s’interroger régulièrement sur la fiabilité des méthodes de diagnostic (RT-PCR, ELISA) et sur l’adéquation des outils de prévention vaccinale utilisés. Des études ponctuelles de génotypage ont déjà été menées sur des isolats français, mais une étude de plus grande envergure s’imposait afin d’établir un état des lieux représentatif des génotypes circulants en France métropolitaine. Les laboratoires départementaux ISAE et LDA71 se sont ainsi associés à la Société LSI pour établir une cartographie des génotypes de virus BVD présents à partir de 260 échantillons terrain isolés dans 30 départements d’élevage bovin laitier ou allaitant, et plus particulièrement dans les départements 35, 43, 55 et 71. Le génotypage des 260 échantillons de terrain a été mené selon la méthode décrite par Vilcek, par séquençage systématique de la région non codante 5’UTR, complété si besoin par la séquence du gène Npro et a aboutit à la caractérisation de 182 souches différentes. Les résultats de cette étude sont présentés et discutés en avant première lors des Journées Nationales des GTV 2010. Ils confirment la prédominance respectivement des génotypes BVDV-1e et BVDV-1b, l’isolement plus sporadique du sous-type BVDV-1d et BVDV-1a, et la persistance voire l’extension du sous-type BVDV-1l, sous-type identifié pour la première fois en 2006 en Saône-et-Loire. En revanche, aucun des 182 isolats n’appartient au type BVDV-2, génotype fréquent en Amérique du Nord, mais dont les signalements sont plus rares en Europe.